等觉得时机差不多后，耶稣就开始传授门徒，并逐步得到了民众的认可。
由于耶稣的背叛行为，圣教的长老会视为奇耻大辱。由于这时十一世真神的转世还没有找到，所以长老会首席长老当即作出决定，派出执刑长老到耶路撒冷，并和圣教关系融洽的罗马当地政府取得了联系，在其中一位耶稣门徒告密的情况下，没有经过任何打斗，就将耶稣缉拿归案，并随后以世俗的“反罗马罪”将其钉死在十字架上。
谁知道这是耶稣的诈死之计……虽然他当时只有三十多岁，但由于天赋极好，圣教所有的五系魔法都已经精通，虽然还不能施放禁咒，但普通的四级魔法已经可以自如地施放了。
他知道圣教的庞大势力不是当时的他能够对付的，所以先是束手就擒，以此来减轻执刑长老的警觉性。在临刑前，他先是悄悄施展出水系魔法的三级魔法“水幕守护”，使自己身体受到伤害减少到最低的地步，再使用光系的三级魔法“深层休眠”，使自己看上去完全断绝了生机，终于成功地骗过了所有人。
在圣教的执刑长老离开三天后，耶稣上演了一幕复活的好戏。他苏醒过来后，先是用二级火系魔法连珠火球在天空显示异兆，接着就是三级土系魔法“流星火雨”作为铺垫，然后施展四级光系魔法“圣光术”幻化出天神降临的场景来，最后再用火系的精神魔法影响别人的心灵，这才施施然从十字架上飘落下来。所有围观的民众无不目瞪口呆，跪伏在地，高呼基督降世。
随后，耶稣开始传授众弟子圣经新约的精华内容，并传授以圣教的各系魔法，还有众多的武术技巧。可惜，他剩下的十一位弟子都只适合修炼光系魔法，对其他的魔法没有任何领悟。于是，在光系魔法的基础上，耶稣增加了许多实用的魔法，并总结出修炼光系魔法的一些技巧。为了与圣教的光系魔法区别，他创立的魔法理论称为光明魔法。四十天后，耶稣再次导演了一出“升天”的好戏，再次引起了世人的轰动。
这一次，他倒是真的去了。不过在升天前，他用生命为代价，施展了水系的禁咒魔法“水之永生”，将自己的意识完整地在圣杯中保留了下来，等待能接受他的意识的有缘人。就这样，耶稣成功地实现了圣教“真神”转世轮回的梦想。自此以后，只要有能力接受圣杯传送的意识的，就将拥有耶稣所有的智慧与能量。无数次转世轮回的梦想，再也不是“圣教”所独有的专利。
随后的历史就是一场残酷的你死我活竞争的历史。由于耶稣的“去世”，使圣教失去了追寻的目标，而这时按照耶稣生前的意愿，他的弟子彼得、雅各、约翰等组建了基督教，并开始四处传播耶稣的理论，活动的范围也从耶路撒冷扩散开来，不断地向外传播。尤其是保罗的传教活动，使基督教获得巨大发展，地中海东部沿海各大城市中几乎都被其占据，大批非犹太人也加入了社团，使基督教逐步脱离犹太教而成为一个完全独立的宗教组织。
由于基督教在诞生之初，就隐藏在暗处，发展培养了大量的高手。终于，在圣教十三世真神转世的时候，基督教开始不断地向圣教的腹地发起进攻，并逐渐取代了圣教在环地中海的宗教统治地位。虽然此后圣教十四世真神成功获得力量传承后，击败了当时的第六任教皇格理高里统治的教廷，但大势已去，整个区域内已经全部是基督教的教徒，而圣教已经再无立锥之地。
鉴于这种情况，十四世真神与格理高里教皇口面达成了协议，本着与世无争的立场，圣教承诺退出该地区的宗教争夺，另外找地方传播教义。但教廷以后将对圣教控制的区域不得做任何形式的侵犯。
随后，圣教出现了史无前例的大迁移，上万艘客船从亚平宁半岛的港口出发，向茫茫大洋驶去。由于所有的船只都进行了魔法加固，所以在经历半年的海上漂移后，终于在南美大陆靠岸。而教廷担心自己失败的丑闻会影响自己的地位，所以将关于圣教的各种记载全部销毁，至此，圣教淡出了人们的视线。
在南美落脚后，十四世真神再次改组了圣教的结构，在长老会的基础上，创立了灵女堂，并实行了三圣女制度，这样即使真神不在的时候，圣教也有自己的主心骨，不会再出现群龙无首的情况。随后，鉴于基督教的迅速发展有其一套完整的理论作为指导，所以十三世真神首次将圣教实施的教义总结成圣典，作为圣教的立教之本。
为了宣扬“真神”神圣不可侵犯，圣典第一次将侍奉真神的三圣女也确定为神。主教和牧师由于宣扬真神的教义，也是属于信仰的对象。由于历代此前侍奉真神的女弟子几乎都是真神的女人，所以将三圣女的历史推移到第一世真神的时候。
同时，为了在真神转世的时候，能够让圣教教众能在第一时间找到能承受真神意识传承的人，所以圣教还专门设立了“领路人”制度。“领路人”在圣典上虽然没有明确的记载，但却是作为真神的恩人的身份存在的，在圣教享受的待遇还在作为“神”的三圣女之上。
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