皇室宗亲尾大不掉的问题，由朱翊镠提出来当然不一样。
朱翊镠是皇帝。
张居正当初只是首辅，尽管当时朱翊钧也不亲政，基本上一切都由张居正说了算，可臣就是臣。
臣与君毕竟不一样。
如今朱翊镠明确提出来，申时行当然看到了一线希望。
虽然张居正的一系列改革也触及到皇室宗亲的利益，比如清田大计，将皇室宗亲占有的土地也扒出来不少，但朝廷供养皇室宗亲需要高昂的财政支出的问题依然束之高阁。
明明看到并指出这个问题，张居正在十年改革途中却没有采取行动，可见这不是一般的问题，或者说这个问题已经超出了他的可控范围。
想到张居正的改革，作为张居正的得意门生，申时行当然清楚其座主改革的脉络与方向。
张居正明确指出的五大隐患，国家没有钱不富裕，财政入不敷出，是改革急需解决的当务之急。
为什么出现财政危机呢？其根源大致在三个方面：
第一，土地兼并愈演愈烈。明朝中期之后，土地兼并发展迅猛，大量民田被皇亲国戚及官僚地主侵占。皇庄、王庄遍及京畿，地方上官僚与地主豪强也跟风兼并土地，侵夺民产。
一时间，不论是有爵位的勋臣，还是大内派出的太监，亦或是有功名伴身的豪绅，纷纷抢占兼并土地，各类庄田不断扩张，土地高度集中，百姓苦不堪言。
而与此同时，夺得大量土地的贵族官僚们，由于享有无需纳粮交税的优免权。在兼并土地之后，利用特权虚报田数逃税，这也就造成了明朝的土地被兼并的越来越多，而国家的税收却越来越少的局面。
到了万历初年，全国田赋收入比明朝初期整整减少了一半。
对于以田赋作为主要财政收入的明朝来说，纳税田的数量减少直接导致了财政收入日益缩减。
但庞大的皇室宗亲及行政机构开支有增无减，以及官员的贪污和浩大的军费，都极大的加重了明朝财政入不敷出的程度。
第二，人口流失，可控的人口急剧减少。随着官僚地主兼并土地的愈演愈烈，明朝实际控制的人口也开始不断减少，大量农民纷纷破产，或流亡荒野他乡，或卖身于豪强为奴。
以至于明朝建立之初，全国户口总数尚有一千六百多万户，但到了弘治四年（即公元1491年）全国仅剩下九百多万户，虽然后来有所缓升，但明朝控制的人口数大量减少是事实。
相应的也会导致土地荒废、赋税和徭役的征发困难，必然会加重明朝财政及经济发展的困境。
第三个根源，赋役不公，百姓负担沉重。明朝的赋役制度，是沿用前朝的两税法，田赋有夏税和秋粮之分，役法有里甲、均瑶、杂泛，所以赋税和徭役是分开的。
税是按田亩数量进行征收，对象是田。徭役征发的对象是户丁，这种赋役的征发方案，理论上是公平的。
但是自嘉靖、隆庆之后，官僚豪绅们在拥有优免定额的权利以外，还运用各种舞弊的手段，逃避赋役。
他们通常会买通胥吏，用“飞洒”，“诡寄”等方法，巧妙规避，逃脱赋役责任，而将繁重的赋役转嫁到贫苦的百姓头上，以至于出现了“富者田广而赋役轻，贫者田狭而赋役重”和“有有田而无赋者，有有赋而无田者”的情况。造成赋役严重不均的现象。
在这些因素的恶性循环下，明朝的社会经济危机和政治危机日益凸显，国困民穷的现状逼迫着明朝开始寻觅改革自救的办法。
张居正推行改革正是基于这种种困境，迫使明朝不得不作出改变。
为了巩固明朝的统治，振兴国家财政，决定发动一场自上而下的变革，力图推行以“一条鞭法”为核心的财政经济改革。但在这之前，需要先整顿明朝早已腐朽的吏治。
在张居正看来，整顿刷新吏治必须先行。明自嘉靖以来，政府的腐败和官吏的因循守旧情况极为严重，大臣的奏章，各衙门的公文，每天都充塞着这个庞大的行政体系，但解决问题的效率却极为低下。
张居正很清楚，要解决这种运转不灵缺乏效率的官僚体制，势必会触动各级官员的既得利益，阻力必然不小。但他更清楚，整顿吏治刻不容缓，只有吏治有成，他的经济改革“一条鞭法”才能真正的推行下去。
为此，张居正开始实行考成法。
“抚按考成，奏章每具二册，一送内阁，一送六科，抚按延迟，则部臣纠之。六部隐蔽，则科臣纠之。六科隐蔽，则内阁纠之。”
张居正以六科控制六部，再以内阁控制六科，形成了一个完整的行政审批监督系统，层层制约，随时考成，极大的提高了对中央及地方各级官吏的管理效率。
当时，每逢考核地方官的“大计”之年，他都强调要秉公办事、实心为民的官员列为“上考”，专靠花言巧语，谋取信任的官员列为“下考”，对于那些缺乏办事效率的冗官全部裁撤。
同时，他采用“能办国家事，有礼于君者，即举而录之”的选人标准，打破常规，选拔了一大批有才干的官吏，根据他们每个人的特长，委任重要职务。
当政治改革初见成效后，张居正开始深入到财政经济领域，矛头直指以权谋私的官僚和豪绅地主势力。
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