十月，俞咨皋书面保证一定替荷兰人向天子申请贸易许可，荷兰人闻讯后尽数拼凑了在台湾的全部战舰，进攻福建铜山岛的郑一官。此时郑军人数已经超过两万，其中半数是福宁镇的水师老兵，荷兰水师一触即溃，七艘战船被击毁一艘、俘虏四艘，还有两艘连台湾都不敢回了，而是直奔巴达维亚而去。
击溃荷兰人后，郑一官继续花重金从福建和日本招募水手和士兵，准备完毕后他便开始进攻福建海澄，驻守的一千官兵全军覆灭，辎重船舶尽数为海盗所有，福建巡抚朱一冯哀叹道：“徒党皆内地恶少，杂以番倭骠悍，三万余人矣……”
十一月攻破海澄后，郑一官积聚近两万水兵，船只五百余艘，在十二月强攻福宁镇南路副将驻地厦门，数千官军抵抗数日后总崩溃，俞咨皋逃亡泉州。郑一官收编了福宁镇水师后继续攻掠漳州、泉州等地，闽南上万福宁军瓦解投降。郑一官把能带走的船只尽数带走，不能带走的则付之一炬，“官兵，船，器俱化为乌有，全闽为之震动”。
天启七年十二月底，郑一官从沿海攻入福建内地，“海寇结夥流突内地，如沿海浯洲，烈屿，大嶝，澳头，刘五店，中左等处焚掠杀伤，十室九窜，流离载道。”福宁镇南路崩溃时，绝望的俞咨皋派人向福宁镇本部求救。此时黄石的三营兵力还在路上，赵慢熊手头根本就没有兵马可用，所以就只能拒绝了俞咨皋的要求。
郑一官歼灭了闽南福宁军后，倒是把被俘的明军军官都好好释放了，同时还让他们带信给朝廷，表示他愿意接受招安，为大明“戍守海防”。放走了明军的军官后，郑一官就在闽南设立告示，宣布过往商贩他都要收税，出海当然也要交他一份保护费。
福建布政司奏疏朝廷：“遍海皆贼，民无片帆可以往来，商贩生理断绝。”这份奏疏抵达京师后，崇祯立刻下令逮捕俞咨皋问罪。
同时朝廷里也吵成了一片，有些人力主让黄石亲自出马，清剿闽海一带的海盗，但也有不少人主张招安郑一官，提拔他为福宁镇的海防官。眼下的局面是福宁镇南协已经崩溃，黄石虽然名声响亮，但他和他的部队也从来不以水战闻名。最后皇帝决定一边下令黄石着手剿匪，一边还打算提拔熊文灿为福建巡抚，以便剿抚并用。
但军费还是要福建省和福宁镇自己筹措，在崇祯进行了大减税以后，内库的收入几乎完全断绝，无法再对国库进行补贴，所以东林党建议加农赋。加农赋并非从崇祯朝开始，万历朝虽然把农税定为农民大约收入的三十分之一，但万历还是加了总额共计五百万的辽饷的。不过万历、天启两朝，一旦某省出现天灾，朝廷就会减免该省的赋税。
崇祯天子意图励精图治，可惜手中严重缺钱，于是就规定各省赋税一定要实收，不许地方官拖延耽误。同时崇祯和东林内阁认为应该显示出新朝气象，决议清查各省积欠流弊，以图把以往历朝落下的缺口都补上。
以陕西为例，万历朝估算每亩产粮大约能卖银五钱左右，亩税是银两分左右，加上辽饷两分七厘，共应四分银到五分银上下。在万历年和天启年间，遇到灾荒的时候不但免去这笔，而且还会有相关的赈济。
到了崇祯元年，皇帝的内库已经无法对陕西灾区进行赈济，不但如此，崇祯还下令要一视同仁的收赋税。
明朝建国初期，陕西各军镇的军粮、武器、被服都由军镇自筹，进入小冰河期以后，主要由万历收来的杂税进行补贴。现在内币的源头既然近乎枯竭，东林党遂建议按照一条鞭例，把这笔赋税平摊给陕西灾区的农民，折合每亩收两钱银，天子批准了这个票拟，
明朝建国初期，朝廷在陕西地区设马政，专门画出草场以备养马以备军用，到崇祯元年的时候，陕西马政在纸面上应该有战马、挽马五十七万匹，但事实上……连一具马骨头都没有，草场也早已经退化消失。
万历朝期间，军马主要靠内币的矿税的收入来购买。泰昌朝东林党废除了矿税后，老农出身的魏忠贤不敢在贫苦的农民身上打主意，所以就密令东厂侦查文武百官谁家有钱，然后通过赐给紫禁城骑马权的方法来收集马匹（这政策本书以前有讲，这里就不赘述了）。
打倒了万恶的魏忠贤后，东林君子立刻将这条不得人心的法令废除。可是剐了魏忠贤并不能在陕西凭空造出五十七万匹马来，但九边军镇却都还需要马匹供应。东林君子不是老农出身，他们没有魏忠贤那种小农意识，东林内阁首先把马政荒废的责任推给了魏忠贤，然后告诉皇帝现在之所以养不了马，乃是因为马场都被陕西的“刁民”霸占去种田了，所以他们建议皇帝按一条鞭例，增加陕西每亩五钱银来买马，崇祯准了这票拟。
当年张居正时期，明朝的宗室人数就已经大大增加，张居正为了省钱就只给额定供给的八成。等到了要钱不要脸的万历亲政后，部分宗室他只肯给五成甚至更少。而且万历天子还创造性的发明了不给起名字所以不给钱的方法，在他主政期间，有些明朝远房宗室一辈子都得不到正式赐名，所以也吃不到皇粮。
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