五月底六月初，冲突终于爆发。
首先是南京兵马司出面，他们知道洪门的背景，故而只是进行劝阻，他们的劝阻当然没有作用，洪门我行我素，凡是不愿意缴纳保护费的商贾，一律不准在南京城内做生意。
六月初，南京京营的军士出面了。
就在诸多的商贾以为洪门要退却的时候，让他们意想不到的事情发生了。
郑家军突然出动，包围了南京京营。
南京京营的总兵贺人龙，与郑家军的副总兵刘泽清两人直接对峙。
看见乌黑的红夷大炮、弗朗机对准军营，看见无数的毛瑟枪对准军营，贺人龙知道其中的厉害了，他无奈的表示退却，南京京营的军士，哪里是郑家军的对手，看着人家强悍的装备，以及冲天的杀气，唯有退却，再说郑家军的背后是谁，既然郑家军敢于行动，那就是做好了一切的准备，只怕南京京营没有地方去申冤。
贺人龙和刘泽清本来就认识，也没有必要为了商贾的事宜相互得罪，再说上面怪罪下来了，自己也能够解释。
南京出现这一幕之后，所有的商贾都老实了，他们知道迈不过这个坎了，要是还是强硬的对抗，下一步就可能是家破人亡。
镇守太监方正化专门找到了郑勋睿，怒气冲冲，可惜郑勋睿根本不在乎，郑家军拿出来那么多的粮食救济灾民和流民，稳定了南直隶的局势，难不成要求商贾拿出来一些钱粮还不应该吗，郑勋睿甚至直接告诉方正化，南京京营以及皇城要是能够拿出来这些粮食和银子，那郑家军就不掺合这些事情之中了。
方正化满脸沮丧的离开，南京城的局势，以及南直隶的局势，他已经无法掌控了。
其实方正化清楚，这一天迟早是要到来的，看看郑勋睿以迅雷不及掩耳之势驱逐东林党人就可以明白一切了。
当然，郑勋睿也给朝廷写去了奏折，详细说明了所有的事宜，遭受巨大灾害的苏州、松江、常州和镇江等地，能够很快稳定下来，包括应天府以及其他府州县部分遭受灾害的地方，都稳定下来了，南京六部和都察院没有找朝廷要一粒粮食和一钱银子，都是自己解决的，要求商贾参与到救济灾民的事情之中，这是完全合理的。
方正化当然也会写去密折。
皇上和朝廷看到郑勋睿的奏折和方正化的密折，能够说什么呢，难不成要求郑勋睿不要救济灾民，看看浙江的湖州和嘉兴等地，已经乱成什么样子了。
户部的敕书抵达南直隶，没有说到洪门的事宜，但提出来一个要求，南京六部和都察院，一并解决浙江湖州和嘉兴等地的灾情，平定当地的局势。
户部的这个要求，郑勋睿不会拒绝，他本来就准备要插手浙江的事宜，有了户部的这个敕书，正好大胆的动作，其他人也不好说什么了，只要洪门的势力进入到湖州和嘉兴等地，后面的事情就好办多了。
于是洪门开始进入到湖州和嘉兴等地，部分的郑家军将士也跟随进入，两地的救济以洪门为主，当地的官府协助，如此的情况之下，洪门在当地发放经营许可证，严惩屯聚居奇的商贾，就变得理所当然，两地的商贾得不到官府的支持，只能够乖乖的照办。
时间到了六月，南直隶和浙江等地全部都稳定下来了，暴雨和洪水虽然造成了不小的损失，但各地很少出现饿死人的情形，老百姓基本回到了家乡。
而随着时间的推移，南直隶的局势也出现了明显的变化，士大夫和商贾都知道，南直隶说话算数的是南京兵部尚书郑勋睿，谁要是敢于违背郑勋睿的意思，轻则无法在南直隶和浙江等地立足，重则人财两空。
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