上海海军的独立，使段祺瑞感到事态严重和自身陷于孤立。当时中国海军共有三个舰队，第一舰队是海军的主力。这次公然独立，不仅严重地威胁北洋系势力下沿海各省区，同时还可以帮助护国军运兵北上。
屋漏偏逢连夜雨，同时又传来曲同丰在山东被俘，张怀芝仓皇逃往河北的消息，这一系列打击，才让段祺瑞意识到了事情的严重性。于是再不敢坚持要行新《约法》，同时由于林长民、张国淦的奔走，乃于6月29日由黎元洪正式申令，仍遵行民国元年公布之《临时约法》，申令如下：
“共和国体，首重民意。民意所壹，厥惟宪法。宪法之成，专待国会。我中华民国国会自三年一月十日停止以后，时越两载，迄未召复，以致开国五年宪法未定，大本不立，庶政无由进行。亟应召集国会，速定宪法，以协民志而固国本。宪法未定以前，仍遵行中华民国元年三月十一日公布之《临时约法》，至宪法成立为止。其二年十月五日宣布之《大总统选举法》，系宪法之一部，应仍有效。”
又申令：“依据《临时约法》第五十三条，续行召集国会，定本年八月一日起，继续开会。所有关于袁氏时期之立法院、国民会议各法令，应即撤销，并裁撤参政院，特任段祺瑞为国务院总理及各部总长。”于是争议不决的法统问题，遂告一段落。
7月14日，黎元洪下令惩治帝制祸首杨度、孙毓筠、顾鳌、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可等八人，余悉从宽免。西南军务院以所提条件，大致均孚愿望，遂于同日由唐继尧、岑春煊、梁启超、刘显世、陆荣廷、陈炳焜、吕公望、蔡锷、李烈钧、戴戡、刘存厚、罗佩金、李鼎新等联合通电撤销，声明国家一切政务，静听元首、政府和国会主持。
洪宪垮台，袁世凯去世，梁启超和蔡锷这师生二人便成为当时人望。李默涵虽然也较早起义，但是本身在名望上还是底子比较薄，因此索然也博得不少赞扬，终究还是落在了梁启超和蔡锷二人之后。
黎元洪做了光杆总统后，极望能拉拢护国方面的力量，倚为支援，于是有人向黎元洪建议，礼聘梁启超为总统府秘书长，如过梁启超愿意北上，以梁启超当时的人望和西南护国军方面的实力，足以牵制段祺瑞的北洋系。黎元洪颇以为然，遂于7月1日致电梁启超，电云：
“屡承来训，虑远思深，谋国之心，家居弥笃。泰山北斗，景仰为劳。亦每知读礼之时，不敢以阁员相浼，然万端待理，棼如乱丝，辱以庸才，丁兹危局，设使旧鼎覆餗，沦胥以灭，既负人民望治之心，亦违先生救时之愿，窃不自揣，欲以本府秘书长相屈，既无嫌乎夺情，且可资乎论道。先生模楷人伦，万流仰镜，倘肯垂念邦国，当不忍金玉尔音。敢布寸心，拥彗俟命。”
梁启超是聪明人。何尝不知道这是吃力不讨好的工作，所以婉辞复谢。
民国5年双十节，黎元洪以共和重建，特发表大批授勋令，以为酬庸之典。首授孙中山大勋位；蔡锷、唐继尧、陆荣廷、梁启超、黄兴、岑春煊、李默涵等人以勋一位；段祺瑞、王士珍、冯国璋3人以一等大绶宝光嘉禾章。这些勋章，颁赠得太多，如西南首义反帝制派之将领及北洋帝制派之拥有兵权者，甚至逊清皇室之世续、载涛、绍英等，亦均获得。遂使鱼龙混杂，有勋章如雨之势。
另外一方面，段祺瑞也同意了李默涵的要求，正式任命李默涵为山东督军，并把一批李默涵点名要的人员调拨给李默涵。但李默涵没有主动辞去长江巡阅使一职，同时还推荐自己的部下马迁安为豫东镇守使、肖文龙为徐淮镇守使。段祺瑞一一批准，山东、豫东和淮北一带依旧在党卫军的控制之下。
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