此次战争，高句丽军损失4万人，而唐军仅损失数千，但是因为没达到目的，所以太宗自己认为失败了.十月十一日，唐军还师到营州，李世民悼念阵亡的将士的时候，又召见了薛仁贵，对他说前文中提到的，也就是那句“朕旧将并老，不堪受阃外之寄，每欲抽擢骁雄，莫如卿者。
朕不喜得辽东，喜得卿也。”
意思是，我的功臣们都老了，现在遇到战事已经不堪忍受这种重负了，我想挑选年轻能干的战将，没有比得过你的了，这次征伐，就算得到辽东也不是我高兴的，最高兴的是能得到你这样的一个人才。”
李世民：“朕不喜得辽东，喜得卿也。”几乎成了名言.说薛仁贵的价值超越了几代皇帝无法征服的辽东，可以看出薛仁贵在李世民心目中的地位，又提升为右领军中郎将。
回长安后，李世民让薛仁贵把家人接到长安来住，薛仁贵感激涕零。
因为薛仁贵清正廉洁，他回到家以后只是把离别一年多的妻儿接到了长安，没有像任何成功的人那样把自己的寒暄的家修缮一下，寒窑还是寒窑。
回长安后，薛仁贵作为宫廷侍卫镇守玄武门,玄武门是太宗夺天下的门,这也寓意了一件事,薛仁贵后来真的成为了唐朝的国门,另外李世民把薛仁贵放到宫廷里也是给李治的安排,想想这样一个“狠人”每天拿着方天画戟就站在宫廷门口,那些想“犯事”的大臣们心理需要好好想想。
贞观二十二年五月，李世民去世.李治即位，是为李治。
永徽五年闰五月,李治到京西万年宫避暑,薛仁贵护驾随行。
当月初三夜，天降大雨，山洪爆发，正在值班的士兵,宫女们全部逃命去了,而李治还在睡梦中。
薛仁贵被大军惊醒,出去看见水已经很高,百姓四下逃窜,他去找士兵帮助救皇帝,结果全跑了,薛仁贵很生气,说:“哪有天子有危险,竟然怕死跑的?”
薛仁贵不故自身安危爬上北门高墙,向宫里大呼,终于把李治给叫出来了了,李治也爬到高的地方,躲开了这次危险.事后他对薛仁贵说:“幸亏有你的呼唤,才得以免除了这次危险,我现在才终于知道,这世界上真的有忠臣啊。”
并赐御马一匹.而且李治因为这件事情，非常感谢薛仁贵，在日后几日提到，像皇帝这样身份的人很少感激别人，所以薛仁贵出头的日子该到了。
据史料记载,这次洪水导致附近3000多人遇难，如果不是薛仁贵，那唐朝的历史就将改写了.
自唐平定**厥以后，就逐渐的把战略目标转移至西北，希望攻取西突厥汗国。
李世民时期先征服了土谷浑和高昌，为灭西突厥打响了前奏.显庆元年年正月，唐朝出兵攻击西突厥，但是由于战术指挥的严重错误，导致功亏一篑.显庆二年正月，唐朝再次发动对西突厥的战争，命苏定方为伊丽道行军大总管,率五万大军出征。
此时薛仁贵上书建议决策,说:“臣闻兵出无名，事故不成，明其为贼，敌乃可伏。今泥熟仗素干，不伏贺鲁，为贼所破，虏其妻子。
汉兵有于贺鲁诸部落得泥熟等家口，将充贱者，宜括取送还，仍加赐赉。即是矜其枉破，使百姓知贺鲁是贼，知陛下德泽广及也。”
大概意思就是,敌人现在分裂,我们应当帮助泥熟部以分化他们,让别人知道贺鲁的残暴,知道陛下的恩泽。
李治听取了薛仁贵的意见,作为了此次战争的方针,果然不出所了,泥熟彻底投靠唐朝,最终捣灭西突厥,薛仁贵的谋略第一次得到了体现,不过实说还是纸上谈兵,随后不久,他登上了发挥艺术般指挥才能的舞台。
自从李世民去世以后，唐朝与半岛三国保持了一段时间的和平，但是高勾丽在在恢复元气之后，又开始不断骚扰唐朝，而且威胁唐小弟新罗国。
李治决定开始连年骚扰高句丽，以拖跨其实力。
显庆三年六月，李治任命薛仁贵为营州都督，东夷督护，程名振为副将，东征高句丽。
薛仁贵军一举攻克新城赤烽镇,斩首400多级,俘虏100多人.高句丽立即派出3万大军迎战薛仁贵，被薛仁贵击败，斩首3000级，其余击溃.次年11月，薛仁贵再次率军度过辽水，与高句丽猛将温沙门大战于横山。
身为军队统帅的薛仁贵匹马当先,左右开弓,敌人无不应弦而倒,把高句丽军打的抱头鼠窜.随后又与高句丽军在石城会战,敌军中有一猛将,连续干掉唐军10几名将领，高句丽军士气大振。
勇将对勇将才能体现出真正的武力，此时薛仁贵怒了，他抄起画戟，直奔那人，那人用箭射薛仁贵，全被躲开，薛仁贵冲到他跟前，单手将他抓起，夹于掖下，直接生擒而回......
整个历史长河中，有此等表现的，唯薛仁贵一人而已.
显庆五年，原来主动归附唐朝的契丹酋长窟哥去世，继任的阿卜固联合奚族背叛唐朝，发动叛乱.唐朝任命薛仁贵与辛文陵为统帅。
当薛仁贵行军至中途土护真水遭遇敌军伏击，情况危急，薛仁贵后军及时赶到，化解了危机，否则后果不堪设想.随后薛仁贵经过一系列的周密部署指挥，将敌人逼于黑山决战。
最终将以阿卜固为首的契丹与奚联合叛乱的最高领导集团成员全部抓获，押送回洛阳，薛仁贵因功升为左武卫大将军，封爵河东县男，守玄武门，12载不鸣，一鸣则惊天下。
此时薛仁贵的军事才能算是文明朝野了，但凡有战争，朝廷总会想到薛仁贵，所以这段时间薛仁贵没消停日子过了，连续出兵，东征西讨。
这不，薛仁贵刚刚回朝，还没休息，立刻被任命为铁勒道行军副大总管，与郑仁泰一起出兵西北,讨伐铁勒的叛乱。
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