王安则助攻：“礼部尚书孙慎行、左都御史邹元标、给事中惠世扬等弹劾内侍太监崔文升、李可灼二人弑君的奏折，方大人不能一直留中呀！”
方从哲道：“八月二十九日，先帝身体不适，李可灼上呈红丸，先帝服下后，病情稍缓，暖润舒畅，直呼：“忠臣！忠臣！”还着臣拟诣重赏纹银五十两。这服下红丸，也是先帝一力坚持的结果。”
王安道：“都察院御史王安舜奏折“先帝之脉雄壮浮大，此三焦火动，面唇紫赤，满面升火，食粥烦躁。此满腹火结，宜清不宜助明矣。红铅乃妇人经水，阴中之阳，纯火之精也，而以投于虚火燥热之疹，几何不速亡逝乎！崔李二贼无弑君之心，却有弑君之实！宜明正典刑，以安天下。”
方从哲不得不保这李可灼，李是他引见给先皇的，这服下红丸是皇帝坚持的，也是他这内阁首辅同意的，满朝文武喊打喊杀崔李，这是项庄舞剑，意在沛公。
东林党新生代杨涟和佥都御史左光斗等人攻击方从哲多条罪名，由于挺方势力已经崩坏，方从哲内阁的威信开始迅速瓦解。
所以在又一个问题之上，他死不松口。
时人叶珍有评论：庸相方从哲独居政府，神宗若喜其无能也而安之。然辅臣不能持政，而台省持之。于是亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣辈，称为当关虎豹，凡中外之得选为台省，皆寝不发。旧台省更得以笼致后进，必入其党矣。”
叶珍的话虽然偏颇，但也道出方从哲执政之时，首辅权轻的情形，也因此使朝政由言官所操持，而从哲要勉强维持朝廷，也不能不与这些言官互为奥援，迁就他们排斥异己的行为，现在是终于受到反噬了。
东林党少壮派要借红丸案拉他下马，东林党十年蛰伏，在南方大地主集团的支持下，声势日隆，己掌握清议，入主朝廷之势，锐不可挡。以东林党这些爱站在道德制高点上攻击别人的人，对待政敌，一向狠辣，他方从哲绝不是下野就可以脱身的。
朱由校道：“方阁老呀！您是三朝元老，内阁首辅，领导群臣，在这件事上可不能首鼠两端呀！”
米柱道：“方阁老呀！这是皇上，可不是东林党呀！皇上只是想为先皇讨回一个公道呀。”
当年新生代东林党人就企图一举同时扳倒三党和他们所仇恨的内宫郑贵妃派系。因此发动了梃击案，他们剑指郑贵妃，实是为在朝中掀起惊风骇浪而夺权，作为首辅，他要做的就是打击一切冒头之人，整治各种不服，维持各种大好局面。
而现在，这个皇帝出手，这是真正的收拾郑妃和福王了。
面对这种局面，方从哲也是心惊，皇室内部的倾轧，宫闱之争，这是何等残酷，他知这里面水深，不敢往里面扎，但现在皇上是明确表态，你不支持我，就让东林党上，以东林党急于上位的心态，必会答应，那时必定会杀他方从哲祭旗立威，不能善了。
作为朝廷的大佬，对于目前的形势，他是知道的，其中这是到了凶险的地步。皇上幼年登基，却显示出一定的雄才伟略，从他力排众议，稳定辽东局面再到强势整合厂卫，他是决定做一个有为之君，现在他向自己摇出橄榄枝，若是不从，只怕会成为他首个开刀的人。
而且他也知道，而他也知道，这皇上还留中，户科给事中惠世扬直纠方从哲十罪、三可杀的奏折呢？
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